Ca un sfat, pentru ceea ce gasesti pe packagist.org ar fi indicat sa folosesti un composer.
Multe clase pot fi luate si independent dar composerul iti face un autoload frumos.
Asa cum ti-a sugerat si nevvermind, ar trebui sa faci o refactorizare serioasa.
Iti recomand un update la PHP 5.6 (cel putin) si vei scapa de get_magic_quotes_gpc (trebuie, ca nu mai e suportat) si de mylsq - treci pe si prepared statements (gasesti exemple prin manual -
http://php.net/manual/ro/pdo.prepare.php)
Referitor la cod, vezi ca LIKE "%stuff%" este foarte costisitor si vad ca il folosesti din plin.
Pune macar niste conditii care sa evite atunci cand este posibil.
Si, pune-ti indecsi pe tabele, daca nu ai (google "mysql index recommendations").
Referitor la securitate, scapa de extensia mysql si treci pe PDO, nu o sa mai ai probleme
(atentie, si PDO-ul il poti folosi gresit - trebuie folosit cu prepared statements)